Nel 1998 la Yamaha presentò la YZF-R6, un "aggressiva moto da corsa di 600cc che nel 2000 riuscì nella conquista del Campionato Mondiale SuperSport con Horg Teuchert.

Nel 2003 la R6 fu sottoposta a un sostanziale rinnovamento: tra le numerose migliorie apportate figuravano la nuova estetica e la completa rivisitazione del motore provvisto di alimentazione a iniezione, nonchè l "adozione del telaio Deltabox III in lega leggera pressofusa, con modificata geometria delle sospensioni.

Dopo la vittoria di Valentino Rossi nel Campionato del mondo MotoGP 2004, la Yamaha rese omaggio al pilota italiano producendo un modello speciale della R6 2005.
La R46, così fu chiamata, acquisì nuove pinze freno radiali, maggiori prestazioni e migliore maneggevolezza.

L "ultimo restyling al veicolo, ha aggiunto tecnologie derivanti dalle competizioni come l "YCC-T (sistema di controllo elettronico del gas) e YCC-I (sistema servoassistito di aspirazione variabile) per uno sfruttamento più esteso e lineare delle curve di potenza e coppia.

Le peculiarità del modello 2006 sono nel valore molto alto del regime massimo di rotazione pari a 16500 giri/minuto, e nella potenza massima di 127 CV a 14500 giri per un motore di soli 599cc di cilindrata.Grazie al peso contenuto e alle soluzioni tecniche da corsa adottate dalla casa nipponica,la sportiva si spinge fino ad una velocità di 267 km/h e scatta da 0 a 100 km/h in soli 3,5 secondi.Il motore è da gara,vuoto sotto potentissimo sopra e si può sfruttare al massimo solo in pista.

Il modello 2009 eroga la potenza di 130 Cv e raggiunge la velocità massima di "soli " 250 km/h, 17 in meno rispetto alla versione precedente e raggiunge i 100 km/h in circa 1 secondo di più,ma è capace di spingere meglio ai medi regimi e erogare la potenza in maniera più dolce.